内阁法制院及内阁办事处
责任内阁的结构是过渡性的，为了完善内阁结构，奕劻等大臣便参照日本内阁附设法制、统计等局，从而拟定了内阁法制院官制。
宣统三年（1911年）6月23日设置了隶属于内阁的法制院，以及内阁承宣厅、叙官、制诰、统计、印铸各局。并裁撤了旧有的宪政编查馆、吏部、中书科以及稽察钦奉上谕的事务处、批本处等机构。法制院成立后，奕劻又对法制院法律、法令等文件的拟定范围，以及查核范围进行了统一的规划。
奕劻指出：为了进一步筹划预备立宪，所有法令均须改定办法，“或向无定例应行新定办法者，不惟名定章程颁列条款之件应属法令范围” ，而且以捐奏或附片具陈的文件亦应包括在法令范围之内。
也就是说，法制院除了撰拟不属于各部主管的法律、法令外，还得对各部所拟属于法令的条文等进行审查、复核、具奏，然后再经总协理大臣查核分别议奏施行 。
如有不符合统一法制之义的文件，则还须再行咨送各部院衙门。内阁法制院成立后，便立即开始了对各项官规、法律、法规等文件的拟定任务，如筹拟行政审判院院章、新内外官制等。
由于“资政院为国会基础，国会为宪政机关”，所以筹办本年资政院第二次会议也就成了责任内阁的一项重要事宜。
责任内阁成立后，各国务大臣，便紧接着筹设了一个统一性的中央办事机构，将政事堂作为内阁的专门议事场所。
奕劻等阁臣对于内阁议事处地点的选定，曾进行了较为慎重的规划。内阁议事处成立后，内阁又在旧有的内阁处暂设了内阁收文处，将所有京外各衙门电咨的文件，进行了统一的汇归。
如明确规定，凡是有关承宣厅及制诰局、叙官、统计、印铸各局的事项，“自六月初一日起统投内阁收文处，凡关于法制专项” 则投交与法制院。
改革京外官制
京外官制是较内官制更为繁杂的事宜，是清廷预备立宪的一项重要内容之一。为了加强对地方上的有效管理，责任内阁成立后，便紧接着对京外官制的改革进行了筹划，如筹设各省审判厅及审计处等机构。
奕劻等阁臣议决，要求在颁行官制前后奏请发表行政审判院法，以重裁判法权。宣统三年（1911年）7月27日，内阁就“饬法制院赶紧核订”行政审判院法。
宣统三年（1911年）8月23日，奕劻等阁臣又上奏清廷，要求各部应遵照修正后的清单于该年内如期颁布行政审判院法，并设立行政审判院，以重法制而谋统一。
奕劻等阁臣奏称，按照各国通例，各项行政审判事件皆以法令分别指定，而此项事件又只有当法令著有明文，并定有办法者起诉之时，方才有所遵循，审判之时亦才有所依据。
此外，审计院也是内阁加强对地方上管理的重要事宜。作为专门掌管京外各衙门出入款项，核定、报销虚实的重要机构，审计院在加强地方经济管理方面起着重要的作用。为此，内阁奏称，必先厘定地方官制，裁汰府城首县，“以期官无冗滥，事无旷废” ，在国务大臣的努力下，致使责任内阁夭折之前，审计院的规模已初具。
如审计院设院长一人，副院长一人，均为特简，谘议官无定额，参议官为十人。院内共分四股，每股设股长及佥事各缺，缺又分为三等，录事为二十缺，均为委任。并拟将院长改为总裁，佥事拟改为会计官。