南京城被攻破本来是件好事情，但李仙听了这个消息后却大为生气，甚至当面指责王九玄擅自用兵，打破了混元宗和三元观多年来一直共同进退的默契。
至于天地会和北方门派等，心情复杂，态度暧昧，却都不想卷入双方之间的争执去。
李仙倒不是不想打南京，而是想利用南京吸引来清廷和异人殿的更多兵力，然后一鼓而下，为之后的进一步北伐奠定基础的。
而且，混元宗之前招募了五万新兵，对新兵的培训刚好到关键时期，因此想着到1848年春天才去进攻南京的，没想到一不留神就让三元观和太平军拔得头筹，将最富有的江南城市拿走。
三元观事后倒多方解释，说己方只是因势利导，并没有甩开混元宗单干的意图，但只看三元观在此次战斗中投入的大量兵力和物资，就知道这是三元观准备了很长时间的战斗，绝不是什么临时发挥。
不过，事已至此，混元宗上下群情激奋也没什么大用，还得按照当前的新局面调整整体战略。
南京陷落不久后，混元宗就派遣海军进入长江，对残余的清廷长江水师给予毁灭性打击，一下子就夺得在长江的制江权。
这还不够，混元宗趁着三元观和太平军在南京分赃不均，正在争吵的当口快速出兵，将与之不远的镇江和扬州等地都打了下来。
镇江也还罢了，扬州可也是著名的打成，光是城内人口就有六十多万，混元宗这一战就收获了一千五六百万元的财物，虽然比不上打南京的收获，但也不无少补。
另一方面，三元观和魔教在南京也有了五六千万元的收获，但之后为了多占这些财物，差点都互相动刀子。
最后，还是华夏盟大量门派的干预，特别是甚至派三万军队到南京城下，美其名曰为盟友们助威，这种情况下双方才没打起来，都悻悻然住手，想办法商讨出相对合理的分配方案来。
这一幕，自然被混元宗上下讥笑不已，后来还多次拿出来嘲笑这两个门派。
之后，三元观和魔教都想拿下南京作为自己的根据地，只是又都不愿意跟对方分享，甚至为此爆发先天之战，与这两个门派交好的多名先天高手以比武切磋的名义出手，暗中较劲。
最后，三元观考虑到自家也有强大的海军，就算拿不到南京，在漫长海岸线上随便找到一个足够大的城市占领也不是什么难事，才同意将南京城让给魔教做根据地，但也让魔教拿出足足五百万两银子，作为买断南京城的费用。
清廷的御用文人们拿这事情大肆炒作，说造反者们内部纠纷重重，就是朝廷不打过去，也有可能自己火并，认为叛军就算一时强盛，覆灭也是早晚的事情。
之后，华夏军出兵重新攻占苏州，三元观则占领苏州和南京之间的常州，摆出共同对抗清廷的架势。
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