纵观混元宗的发展历程，经历了如下几个阶段：
最早是陈谦和李仙两个人支撑混元宗的门面，开办香皂作坊，直到李仙进入三元福地进行试炼后学成武艺归来。
回到混元观后，李仙就着手建立护卫队，以福威镖局的火枪队队员们为教官，训练出大约一百多名队员。
不过，在这一时期李仙其实对护卫队的建设并没有多么上心，更多是想用来迷惑左令晨，让他以为自己的底牌就是护卫队。
所以，护卫队真正的建立应该是白鲸之战结束，李仙回到混元观，消灭海阎罗后重新招募护卫队开始的。
第一批招募的护卫队大约一百多人，经过三个月左右的训练后，遇到朱九来袭，一番大战后消灭朱九，成为整个雷州湾最强大的武装力量。
在此之后，李仙立即趁势扩充护卫队，三个月内将护卫队扩充到三百人左右，这是第二批。
直到跟广州总督府的和谈有了进展，沈葆桢等俘虏被释放后，李仙又招募二百名护卫队，在袭击剑桥号的时候护卫队已经扩张到五百人，才能得以派出三百人的兵力到澳门执行作战计划。
所以，直到缴获两艘远洋商船，获得大量资金之前，李仙手下的兵力为五百多人的护卫队，另有一百多名非战斗人员，如香皂作坊的工人和伙计，自己招募的铁匠、木匠和火药工匠（专门生产子弹和手榴弹等）等，以及赵虎将和钱大富等人率领的秘密情报组织成员。
除此之外，混元宗还有一些间接控制的武装力量，如猎户们组成的猎虎队和附近渔民组成的捕鲸队，混元宗为这些人提供武器、船只和资金，但这两个组织更多是从事生产的外围组织，跟时时刻刻在李仙眼皮底下接受训练的护卫队性质不一样，人数也有三百多人。
另外，混元宗还有数量庞大的外援，也就是雷州湾沿岸村民自发组织的村寨武装力量，主要是为对抗原先多如牛毛的海盗而组成，李仙跟这些武装力量算是盟友关系，平时提供一定的武器和生意机会等。
这些村寨武装多由本乡本村的青壮组成，实际战斗力并不强大，但数量极多，随时都能拉起三千到五千人的青壮劳力。
林则徐和沈葆桢等人计算混元宗实力的时候，是将这些村寨武装也算做混元宗手下武力，才会觉得混元宗在雷州湾的实力深不可测，随时都能动员数千武装好的青壮，才会投鼠忌器，不敢过于逼迫李仙。
不过，之前李仙让广州官员们忌惮主要是依靠对方对雷州情况的不了解，用的是诈道的话，在抢夺两艘千吨级商船，有了足够资金之后，的确有能力组建极为强大的武装力量的。
这次李仙到澳门和佛山大肆采购和招募人员，努力将手中的资金转化成实际力量。
其中，趁着澳门造船业不景气，招募过来的造船工人约有三百人，这些掌握着当今清国最先进的造船技术和金属加工技术，又有相对良好组织纪律的产业工人，对东海岛工业发展有多大的意义，这是很容易就能理解的。
此外，李仙还在佛山，通过福威镖局和三元观的关系，招募了大量工匠，其中铁匠大约两百人，有清国军工厂火药生产经验的工匠大约有一百人；还有从广州和佛山招募的武者和识字的管事、伙计等，也有五六十人。
只要能将这近七百人的新加入人员吸收消化好了，混元宗的军事、工业到各项软实力都会出现极大腾飞，真正具备让整个广州府都忌惮的军事工业实力了。
乔大青和令狐战还带来两百名艇帮人员，他们算是盟友关系，属于捕鲸队、猎虎队一样的合作组织了。
这还不够，回到东海岛后，李仙又宣布新一轮的扩军，要将护卫队在原来的五百多人的基础上继续扩大，再招募五百到七百多人，扩军到一千二百人。
按照护卫队三个月一批的训练速度，新招募的护卫队员在三月内就能初步成军，然后可以出来执行一些军事任务。
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