荣禄去热河联系好了慈禧，恭亲王对奕譞说：“肃顺这个人，知道太多了，必须死！”
1861年11月，政变开始，奕譞带着神机营的精锐，第一时间就逮捕了知道太多秘密的肃顺，把他送上了菜市口的断头台。
临刑前，肃顺用唐代诗人杜牧的七绝中的“东风不与周郎便，铜雀春深锁二乔”的作为绝笔，周郎便指的恭亲王奕訢，“二乔”便是指的慈禧和丽贵妃这对姐妹，不过他也绝对想不到，“锁二乔”的不是奕訢一人，而是奕訢和奕譞兄弟俩，这种大胆而罔顾世间人伦的想法，很多人想都不敢想，射手座的慈禧居然这么做了！这种新闻要是放到美利坚，肯定会上《纽约时报》的头条。
肃顺被杀的经过，清史里的春秋笔法写得特别生动——“将行刑，肃顺肆口大骂，其悖逆之声，皆为人臣子所不忍闻。又不肯跪，刽子手以大铁柄敲之，乃跪下，盖两胫已折矣，遂斩之。”
这段文言文翻译成大白话，意思是说，肃顺将要被砍头了，觉得要向公众揭露恭亲王奕訢和慈禧太后的奸情，于是在刑场站着慷慨陈词，告诉围观的群众同治皇帝不是咸丰皇帝亲生的，咸丰皇帝不行，没有生育能力，这些大逆不道的话，当然没人相信，那些忠于大清的臣民们听了都觉得脏了耳朵，要去河里拿水洗洗，刽子手很愤怒地拿着大铁柄敲碎了肃顺的膝盖骨，然后才把他的头砍下来。
砍了肃顺，恭亲王和慈禧无所顾忌了，革除其他顾命大臣，他们便上位了！公元1861年农历11月1日，这一天的老皇历上写着：黄道大吉，宜登基、乔迁，煞南。于是同治皇帝奉慈安皇太后、慈禧皇太后在紫禁城的养心殿东边的一所屋子垂帘听政。在同治皇帝的龙椅后面，挂了一黄屏，后来慈禧嫌黄屏碍眼，改成了黄幔，慈安皇太后与慈禧皇太后并坐在黄幔后面。恭亲王奕訢站在左边，醇郡王奕譞站在右边。从此，清王朝和中国历史翻开了崭新的一页，他们五个人从此站在了大清国权力的巅峰，这一年：慈禧27岁，慈安25岁，恭亲王奕訢28岁，醇郡王奕譞21岁，同治皇帝6岁。
有些人可以共苦，却难以同甘。慈禧先是独断，立光绪为皇帝，让醇郡王奕譞避嫌赋了闲。
当时同治死后，慈禧就提拔荣禄兼任步军统领，也就是“提督九门步军巡捕五营统领”，职务相当于现在的京城卫戍区司令，牢牢控制了京城。加上李鸿章表态支持她，心里有了底气，同治皇帝一驾崩，慈禧太后马上召集各王公大臣宣布：“文宗无次子，今遭此变，若承嗣年长者，实不愿；需幼者乃可教育。现在一语即定，永无更移。我二人同一心，汝等敬听。”
“敬听”是客气的说法，意思是“你们听着”：把醇亲王奕譞的儿子载湉，过继给咸丰皇帝，再继承皇帝位。
按照大清国的祖制，如果王爷的儿子进宫当了皇帝，父亲就得辞去一切官职避嫌。醇亲王奕譞听到这个消息，都惊呆了，我儿子继承皇位这么大的事情，太后竟然都不跟我商量一下，于是在大殿上嚎啕大哭，哭得昏了过去，可见这实在不是一件好事。《清史稿。奕譞传》中是这么说的：“忽蒙懿旨下降，择定嗣皇帝，仓猝昏迷，罔知所措。”
醇亲王奕譞从此对荣禄怀恨在心，觉得荣禄背叛了他，是个无耻的小人，但此时他也只好辞职，这对于能力也很出众，理想抱负不次于恭亲王的他来说，极为痛苦。
恭亲王也措手不及，慈禧也没跟他商量，他只得点头同意，毕竟，将成为闲王的是醇亲王奕譞，而不是他。这时恭亲王第一次感受到慈禧的专断和毒辣，毕竟，这时候的慈禧，再也不是那位在寒冷的冰雪中偷偷溜出宫求奕訢救家人性命的十八岁小姑娘了。
慈禧自辛酉政变除去肃顺八大臣回到北京之后，第一次尝到了权力的滋味，那滋味对慈禧来说，比任何男人还美妙，她终于可以扬眉吐气，不再过仰人鼻息的日子，心中大为痛快。于是借同治帝登基和自己的寿辰，大摆宴席，极力铺张，恣意享乐，垂帘前后，大开奢靡之先声。而干弟弟安德海为投其所好，又借慈禧名义，不断问主管内务府的恭亲王伸手要人要物。
恭亲王此时掌握了帝国的军机处和总理衙门，还有内务府，独揽军、政、财、外交大权，他成了大清国实际上的摄政王，有一种当上皇帝的错觉，他虽然在皇位竞争中失败了，但他想再一次证明自己的胸怀天下的抱负，所以极力推动自强的洋务运动。恭亲王对慈禧的要求，开始有求必应，后见安德海贪得无厌，没有节制，就诫安德海，以此敲击慈禧，让她知道“国方艰难，宫中不宜多取”。
安德海觉得恭亲王是故意为难慈禧，就从中作梗，有一次，慈禧午膳，安德海有意拿出粗制碗碟让慈禧用膳。慈禧看了很生气，问这是为何？安德海回答说：“这是恭亲王的意思，恭亲王说太后和奴才都出身卑贱，只配用这样的粗货。”
慈禧听了大怒，当场把这些粗制碗碟摔在地上：“总有一天，哀家会让那些出身高贵的人付出代价，像这些碗碟一样粉身粹骨！”